此时，屠户出生的何氏，因生下刘宏的长子而被册封为皇后。何皇后专横善妒，对后宫嫔妃经常打压。对圣宠正浓的王美人，自然视为眼中钉，肉中刺。王美人很快有了身孕，因为怕何皇后的迫害，她不敢告诉灵帝，而是自己偷偷地吃药堕胎。但最终打胎没有成功，刘协就这样艰难地来到了人世。
刘协的出生，对何皇后来说，是个巨大的威胁。她杀机顿起，指使心腹在王美人的汤药中下毒。可怜王美人就这样死于非命，而刘协小小年纪就没了母亲。虽然后来灵帝查出是何皇后指使下毒，但顾虑何皇后的哥哥何进手握重兵，最终也没有追究。不过灵帝痛失王美人，担心还未满月的刘协再遭毒害，就将他抱到母亲董太后的宫中。从此，刘协就由董太后抚养长大。
公元189年，汉灵帝病逝，刘辩称帝。9岁的刘协被封为渤海王，后来又改封为陈留王。不过刘协与皇位失之交臂只是短暂的，不到一年，皇帝宝座就又摆在了他的面前。刘辩称帝后，朝中大权由舅舅何进把持，内廷宦官与朝中大臣展开了争权夺利的斗争。先是何进杀了宦官蹇硕，刘辩之母何太后杀了灵帝的母亲老太皇太后董氏，然后何进又被宦官张让等人诛杀，接着何进的部下又与司隶校尉袁绍等人一起诛杀宦官。最后，无力抗击的宦官又挟持着少帝刘辩和陈留王刘协逃出了皇宫。