对于教育制度的改革，朱家骅认为，高等教育“应求充实，勿事铺张，必须提高研究学术之程度，并注意于实用人才之培养”。中等教育“应切合社会需要，救济国民生计”。同时，“对于成年文盲之允斥，须力谋扫除”。他提倡学术自由，提携年轻后进。为促进中国教育制度的现代化，朱家骅制定并颁布了一系列教育法规和章程。制订了《中学法》、《小学法》和职业教育、师范教育法规，制定了中小学课程标准。为扫除文盲，除推行四年制义务教育外，还发起识字运动，即义务教育的“短期小学”，主要对象为10岁到16岁的失学儿童，每天上课两小时，限定认识1500字，一年毕业。同时积极主张派遣留学生出国深造，从1933年夏天开始，每年举办一届留英学生考试，连续举办九届，选拔培养了不少人才。
抗战爆发后，北方的大学和研究机构有的停办、有的紧缩，南下的专家学者生活发生困难。为了保护国家人才，朱家骅立刻安排人在云南大学、重庆大学、广西大学、四川大学、湖南大学等处分设讲座，为教授们安排教席。同时另设科学研究补助金，使青年科研人员能够继续从事研究工作。
