问题是，章太炎为什么要运用中国传统儒家经学的形式进行斗争？由于儒家经学在中国漫长的封建社会中，一直是封建文化的主体。鸦片战争以后，中国社会性质发生变化，一些封建知识分子向资产阶级转化，但孔子的偶像依然存在，即使像康有为那样“先进的中国人”，也不断搬用或推衍儒家经籍，传统的儒家学说桎梏很深。这样，章太炎也就用自己的思想去发挥经书里的东西，借经书里的东西去证实自己的思想。你说孔子是“改制”的“神明圣王”，我说孔子是“史家宗主”；你用“三统”“三世”昌言“革政”，我用民族主义鼓吹革命；你说今文经学是孔子“真传”，我说今文学说是“诡诞”“诬妄”。从而粉碎康、梁坚持改良的理论依附，促使知识分子在头脑中消除康、梁影响，而革命潮流也如“黄河伏流，一泻千里之势矣”[22]。
章太炎东渡之后，一方面指斥改良派的“竞名死利”与清政府的预备立宪遥相呼应，使“虏廷之自恣必甚，而亡国划类，固可以旦夕俟之”[23]，从政治上加以“箴贬”；另一方面反对今文学说“信神教之款言，疑五史之实录”，认为只是“空穴来风”，所谓“三世”说，也只是“以胸臆度”[24]，从理论上加以驳斥，辞正义严，言而有征。连攻击他的人都说：“枚叔颇为《民报》所欢迎，盖利用其文章，以为金钱主义，销数极旺，亦是好际遇。”[25]那么，章太炎和康有为之间的论战，有时好像是“经学”问题，而实质上却是社会实际问题，反映了他们的不同政治要求和不同见解，在“经学”问题的后面，隐藏着不同的观点和理论体系，为不同的阶级或阶层服务。他们不是单纯的经学上的学派之争，而是以经学为形式展开的思想斗争和政治斗争。