司马绍掌握了王敦的情况后，就准备起兵讨伐。正巧王敦这时病了，王导就站出来宣布王敦已死，以此来鼓舞己方士气，瓦解敌人军心。司马绍下诏讨伐叛贼钱凤。王敦气得火冒三丈，病情也加重了，不能亲自带兵，就派元帅王含与钱凤等一起发兵进攻建康。皇帝司马绍亲自上阵杀敌，并组织了敢死队深夜渡江偷袭敌营，杀得王含军四处逃散。王敦听说兵败，气得病情又加重，竟然病死了。王敦死后，叛军无首，内部争斗不休，被司马绍打得七零八落。司马绍平息叛乱后，只杀了王含、钱凤等首犯，普通将领和士兵都获得了赦免。不过王敦虽然死了，尸体也被司马绍从棺木中挖出来斩首示众。
经过这样一番艰苦努力，司马绍终于平定了内乱，巩固了东晋政权。就在他踌躇满志，想有一番作为时，却不幸病逝。明帝在位3年，死于公元325年，终年27岁，葬于武平陵，谥号“明帝”，庙号“肃宗”。他在短短的帝王生涯中，敢战敢胜，可以称得上是中国历史上一位雄才大略的青年皇帝，可惜英年早逝，实在是一大损失。