1765年，卢梭开始写《忏悔录》。至于身上的病，卢梭自己诊断为膀胱先天畸形，尿道里有结石，医生用探条疏导后排尿依旧困难，之后他又猜测是肋膜炎、咽喉炎甚至癌症，他被病痛折磨得死去活来，“以致与死神面熟了”[14]。卢梭常向人抱怨病痛，论敌却责备他性情乖戾或在哗众取宠，特罗尚医生说他为傲慢和猜疑所困，“无论到哪里，两个魔鬼如影随形”；伏尔泰不留情面，1764年他在匿名发表的《公民的感想》中斥其为疯子，还患有性病。[15]这篇文章在文学共和国流传广、非议多，那时的人虽摆脱了中世纪麻风病的集体记忆，却陷入对于性病的恐慌，道德谴责格外严厉，卢梭在文学共和国里的身份受到冲击。
1777年夏天，早期浪漫派圣皮埃尔与之散步时目睹了病发的痛苦，“剧烈呕吐，胆汁都吐出来，身体有神经性抽搐的症状”，之后一年，病情持续恶化。1778年7月2日上午，他散步回来，“胸部剧烈疼痛，里面仿佛有锐利的针，头部不适，像被撕裂了”，他让妻子打开窗户，说上帝在等他，上午十一时左右去世。[16]这是特蕾兹对卢梭去世时情境的描述，画家古滕堡（Heinrich Guttenberg）和莫雷（Jean-Michel Moreau）据此创作情景画《卢梭的遗言》（图1-1），该画有不实之处，晚年卢梭不再戴假发、穿哥特衫，有意远离公共交往，着装随意。1762年在蒙莫朗西居住时，有人看到他披着床单在花园里走来走去，1766年后更不讲究，况且生活不宽裕，没钱置办流行的衣裳。相比而言，弗兰森维尔（Francenville）的描述更平实：卢梭五点起床，七点散步回来，喝过加牛奶的咖啡后又出去，八点归来，抱怨腹痛、胸痛、头痛，他的妻子扶他上床，一会儿扶他下床，不多时，他倒在地上去世，时间是1778年7月2日上午十一点。[17]