獨裁的皇帝不問政事，最著者自推神宗。
萬曆二十九年，兩京缺尚書三、侍郞十、科道九十四。天下缺巡撫三、布按監司六十六、知府二十五。朝臣請簡補，不聽。三十四年，王元翰疏：「朱賡輔政三載，猶未一覯天顏。九卿強半虛懸，甚者闔署無一人。監司、郡守亦曠年無官，或一人綰數符。兩都臺省，寥寥幾人。行取入都者，累年不被命。庶常散館，亦越常期。御史巡方事竣，遣代無人。九邊歲餉缺至八十餘萬。天子高拱深居，章疏一切高閣。」四十一年葉向高疏：「自閣臣至九卿臺省，曹署皆空。南都九卿，亦止存其二。天下方面大吏，去秋至今，未嘗用一人。陛下萬事不理，以為天下常如此，臣恐禍端一發不可收也。」俱不省。全國政事歸皇帝獨裁，皇帝又不向任何人負責，朝政嬾廢墮弛至此，亦歷史中奇聞也。
自然有權臣應運而生。
世宗時，夏言、嚴嵩遂弄大權。嚴嵩柄政達二十年。世宗初亦威柄自操，用重典以繩下，而弄權者即借以行私。明代君主非重法即怠荒，皆足以敗事。
自此以後，內閣學士朝位班次升六部上。惟終明世，大學土秩止正五品，其官仍以尚書為重。署銜必曰「某部尚書兼某殿閣大學士」，本銜轉在下，兼銜反在上。然皇帝與內閣不相親接，其間尚隔著一層太監的傳遞。閣權最高僅止於票擬。