1898年春，康有为的《孔子改制考》在上海出版。该书中，康有为千方百计地把孔子描绘成民意代表，鼓吹六经典籍是为改制目的服务的，其中尧、舜、禹、文王也是“孔子民主君主之所寄托”。康有为还将《孔子改制考》上呈光绪帝。与《新学伪经考》殊途同归，《孔子改制考》一经面市，就遭到了很多人的批评。翁同龢读后更为震惊，认为康有为“居心叵测”，而与他断绝往来，划清界限。
1898年7月15日，以支持变法著称的湖南巡抚陈宝箴上书朝廷，批评康有为“穿凿附会”“伤理害道”，要求朝廷令其“自行销毁”。光绪让孙家鼐议覆。两天后，孙家鼐建议说：“《孔子制法称王》一篇，杂引谶纬之书，影响附会，必证实孔子改制称王而后已。言《春秋》既作，周统遂亡，此时王者即是孔子。无论孔子至圣，断无此僭越之心。即使后人有此推尊，亦何必以此事反复征引、教化天下？皇上既令臣节制各省学堂，臣以为康有为书中，凡有关孔子改制称王等字样，宜明谕降旨，亟令删除。”⒅随后，为了回击《孔子改制考》，张之洞还专门写作了《劝学篇》，以“辟邪说”，“绝康、梁”。