但人总有遗憾，始皇唯一的遗憾就是志愿无尽，而生命有穷。不过这也许有补救的办法。海上不是据说有仙人所居的蓬莱、方丈、瀛洲三岛吗？仙人不是有长生不死的药吗？于是他即帝位的第三年，就派方士徐福（一作巿，音同）带着童男女数千人，乘着楼船，入海去探求这种仙药，可惜他们一去就渺无消息了（后来传说徐福到了日本，成为日本人的祖先，那是不可靠的）。续派的方士回来说，海上有大鲛鱼困住船只，所以到不得蓬莱，始皇便派弓箭手跟他们入海，遇着这类可恶的动物便用连弩去射。船摆脱了鲛鱼，但蓬莱还是找寻不着。
始皇只管忙着去求长生，他所“忧恤”的黔首却似乎不识好歹，只盼望他速死！始皇三十六年，东郡（河北、山东毗连的一带）落了一块陨石，就有人在上面刻了“始皇死而地分”六个大字。
始皇能焚去一切《诗》《书》和历史的记录，却不能焚去人们记忆中的六国亡国史；他能缴去六国遗民的兵器，却不能缴去六国遗民（特别是一班遗老遗少）的亡国恨；他能把一部分六国的贵族迁到辇毂之下加以严密的监视，却不能把全部的六国遗民同样处置。在旧楚国境内就流行着“楚虽三户，亡秦必楚”的谚语。当他在二十九年东巡行到旧韩境的博浪沙（在今河南阳武县东南）中时，就有人拿着大铁椎向他狙击，中了副车，只差一点儿没把他击死。他大索凶手，竟不能得。