1856年夏天，正当革命在军事上达到全盛的时候，杨秀清决定逼迫洪秀全让位，要求洪秀全封他为“万岁”。洪秀全表面上答应了，却立即秘密派人召回在江西督师的韦昌辉、在武昌督师的石达开和在丹阳督师的秦日纲，准备对付杨秀清。韦昌辉一接到命令，认为时机已到，立即率心腹部队三千人赶回天京。1856年9月2日深夜，韦昌辉到达天京，立即包围了东王府，杀死了杨秀清及其全家。此后又借搜捕“东党”为名，乘机扩大事变，继续捕杀了两万多名优秀的革命干部。天京城内人心惶惶，造成了一种恐怖局面。10月间，正在武昌督师的石达开听到消息，连忙赶回天京，责备韦昌辉不该滥杀无辜。可是韦昌辉竟又想杀死石达开，石达开只好半夜缒城逃出天京，结果石达开在京的全家老小都被杀害了。韦昌辉这种极端阴险狠毒的残暴行为，引起了太平军全体官兵和百姓的愤慨。11月间，石达开在安庆起兵，要求洪秀全顺从民意杀死韦昌辉。洪秀全被迫把韦昌辉杀死了，同时杀死了秦日纲、胡以晃等二百多人。韦昌辉在天京将近三个月的恐怖统治这才算结束了。
经过这场大屠杀，太平天国的许多优秀革命干部牺牲了，太平军的实力大受损伤，太平天国革命形势从此逆转，开始由胜利发展走向停滞和衰落了。