皇帝一召唤，他毫不犹豫，立马北上。这是万历十二年（1584年）年末。此前，他在家闲居了16年，比谁都渴望重返官场，想在工作岗位上发光发热。
海瑞的新职务是南京吏部右侍郎。由于尚书未到任，事实上掌管了南京吏部，妥妥的二品大员。
岁月催白了头，却依然没有磨平心中的棱角。海瑞还是眼里容不下一粒沙子，他对南京官场弥漫的歪风邪气极度不满，颁布了《禁革积弊告示》。但由于多方掣肘，执行效果并不好。
海瑞使出看家本领，直接给万历皇帝上疏，痛骂“诸臣皆是贪风俗中人”。他祭起了明朝的根本大法《大明律》，说这部法律被荒置太久了，做官的有好处尽管捞，人人都在捞，捞得心安理得还风险全无。他说，贪风太盛，不是一味甘草、两句乡愿能遏制得住，要下猛药。又说，本朝开国皇帝已有法律摆在那里，贪污八十贯以上，处绞刑没商量，还要剥皮实草，这样才能触及灵魂。
据说，有个官员家里搞堂会，请了戏班来演出，海瑞要对其施以杖责。大小官员们不淡定了。他们排着队上疏弹劾、攻击海瑞，务必要把他搞倒为止。这场“倒海运动”声势很大，惊动了万历皇帝。
万历皇帝亲自下了两个结论：一，关于要不要革海瑞的职。他说，海瑞的言论虽然“有乖政体”，“词多迂戆”，但作为老同志，还是可以原谅的。二，关于要不要调离现任岗位。他同意吏部的建议，海瑞节操是好的，但做事方法不对头，不能得到广大官员的拥护，不宜出任要职，还是做回都御史这样的虚职比较合适。万历皇帝的原话是：“虽当局任事，恐非所长，而用以镇雅俗、励颓风，未为无补。”