年轻皇帝的逝世使阿塔纳修斯遭受第二次迫害（341 A.D.），意志薄弱的东部君王君士坦提乌斯很快成为优西比乌派的秘密同谋。这一派的90名主教借口为大教堂举行庆典在安条克集会，制定二十五条语意含混的信条，稍稍带有半阿里乌斯派的色彩，至今仍对希腊的正统派教徒起约束作用。会议做出一项外表看起来很公正的裁示，任何一位被宗教会议免职的主教，在未经过同等级另一次宗教会议判定无罪之前，均不得重新行使教会职权。这条教规立即被用在阿塔纳修斯身上，安条克会议宣布了这项决定，或者说是对他的免职已获得批准。一个名叫格里高利的外乡人接替他的位置，埃及行政长官费拉格利乌斯[1496]受命，运用行省的民政和军事力量支持这位新主教。
迫于亚细亚高级教职人员的阴谋陷害，阿塔纳修斯离开亚历山大里亚，在梵蒂冈圣洁的门槛外度过三年[1497]放逐和诉愿的生活。他刻意苦读钻研拉丁语文，很快就能用拉丁文与西部的教士谈判有关问题。他讲出合乎身份的外交辞令，使高傲的尤里乌斯改变态度，完全听从他的意见。罗马主教终于接受他的上诉，将这起案件看成属于教廷管辖范围内的特殊案件，并在一个有50名意大利主教参加的会议上，一致肯定了他的清白和无辜。等到第三年末了，君士坦提乌斯皇帝虽然荒淫无道，仍旧关心正统基督教会的信仰问题，在米兰的皇宫召见了这位大主教。金钱的力量推动真理和正义的事业，[1498]君士坦斯的大臣向皇帝建议，召开一次基督教教士大会，用来取代正统基督教会代表会。来自西部的94名主教和来自东部的78位主教在撒尔底迦集会，这个地方位于两个帝国的交界处，但是在阿塔纳修斯保护人的管辖范围之内。他们之间的辩论很快就变成充满敌意的争吵，亚细亚的教士担心自己的人身安全，全部退到色雷斯的菲利普波利斯。于是在这两个敌对的会议上，彼此把对方看作仇人进行毫不留情的攻击，谴责对手是上帝之敌。两个会议决定的信条，都得到各自所在行省的批准和发行。于是，在西部被奉为可敬圣徒的阿塔纳修斯，在东部则被斥为可恶的罪犯。[1499]撒尔底迦会议第一次透露出希腊和拉丁教会之间的不和与分裂，由于在信仰上发生偶然的差异，以及在语言上无法克服的隔阂，最后终于分离。