《救荒本草》总结了药物的配伍理论。
相使关系：如果两种药物性能、功效相似，一种药物作为主药物，另一种作为辅药物，配合使用，辅药物提高了主药物的功效，如柴胡“半夏为之使”；菊花“枸杞、桑根、白皮为之使”；栝楼根“枸杞为之使”。“为之使”说明两种植物适合同时使用。
相畏关系：一种中药的毒性或副作用，能被另一种中药降低或消除，如天门冬“畏曾青”。
相杀关系：一种中药能降低或消除另一种中药的毒性或副作用，如远志“杀附子毒”。
相恶关系：一种中药能使另一种中药原有功效降低，甚至失效，如白薇“恶黄芪、大黄、大戟、干姜、干漆、山茱萸、大枣”。
相反关系：两种中药合用，能产生或增强毒性或副作用，如金瓜儿“与酒相反”。随着新药用植物物种的发现，《救荒本草》及时总结了它们的药用性质，丰富了药学理论和规律。
为后世医药学的发展提供了参考。《救荒本草》记述的植物有近2/3是以前的本草书中所没有记载过的。《救荒本草》对新本草所进行的描述、绘图等工作，为后世医药学的发展提供了可以参考的资料。