密宗学院学僧要研习事续部、行续部、瑜珈续部和无上瑜珈续部四部经典。佐仁巴经过3年以上的学习，可担任高一级的僧职，例如堪布等。有的还可以升为法王，即甘丹赤巴的候补高僧，不过只有两位，即夏仔曲吉和相仔曲吉。因此，真正在密宗学院学习后，升为法王即而又可以升任甘丹赤巴的人，除了要具备学问、资历等条件外，还必须是长寿者。这里需要说明的是，甘丹赤巴是甘丹寺的主持，格鲁派始祖宗喀巴的传承弟子，职位仅次于达赖喇嘛和班禅喇嘛，权力很大。
再次是时轮学院的教育。这是专门研习天文、历算等专门知识和专业技术的学院。不是所有藏传佛教格鲁派寺院都设有时轮学院的，只有塔尔寺有1所时轮学院，名丁科札仓，拉卜楞寺有2所时轮学院，即丁科札仓和吉多札仓。时轮学院的组织机构大体上同于显宗学院和密宗学院。时轮学院的僧人要学习天文、历算等专门知识，毕业时应独立编写一年的年历。由此可见，时轮学院学习的内容，同藏族人民的生产和生活有密切关系。藏传佛教格鲁派寺院所以设立时轮学院，也是适应了藏族社会发展的需要。
时轮学院的僧人学习到一定年限，掌握了所学的专业知识和专业技术后，要进行具体考核，成绩及格的，授仔仁巴学位。
最后是医宗学院的教育。医宗学院主要是学习医学方面的知识，这也是藏传佛教格鲁派寺院适应藏族社会生活需要而设立的。据统计，塔尔寺有1所医宗学院，名曼札仓；拉卜楞寺也有1所医宗学院，名曼巴札仓。医宗学院的组织机构也和显宗学院和密宗学院相同。医宗学院的学僧主要学习一些医疗技术知识，还要外出采药，加工炮制，并进行一些医疗实践活动。医宗学院的学僧在掌握了一定的医疗知识和技术以后，经过考核，成绩及格，可以得到曼仁巴学位。