1903年5月以后，《苏报》陆续刊登了许多激烈地宣传革命的文章，旗帜更为鲜明。当时，邹容的《革命军》在上海出版，章太炎的《驳康有为论革命书》也公开发表。这两篇极其犀利的革命文字问世之后，立即产生了很大的影响，引起了清政府的敌视。接着，《苏报》节录了《驳康有为论革命书》中痛骂清朝统治者和揭露康有为改良主义的一段文字发表，并且发表文章，介绍《革命军》的内容，向读者推荐《革命军》。这一些激烈的革命宣传和它所产生的影响，使清政府感到极大的恐慌和震怒，便公然采取镇压手段，下令封闭《苏报》，逮捕章太炎、邹容等人。
但是，《苏报》社设在租界内，清政府不敢轻举妄动，便请求帝国主义帮助镇压。1903年6月底，帝国主义的“工部局”封闭了《苏报》，逮捕了章太炎；当天晚上，邹容自动到“工部局”投案。他们被捕后，清政府曾要求帝国主义引渡，但是，由于帝国主义坚持自己在中国的特权，不同意引渡，结果就在租界的帝国主义的法庭（会审公廨）上开审。清政府在帝国主义的法庭上以原告的身份去控告革命党人，这种情况彻底暴露了它的依附于帝国主义、和人民为敌的面目。当时章太炎就曾指出：“这次事件是清政府公开与四万万人民为敌的事件。”最后，租界法庭判决章太炎三年徒刑，邹容两年徒刑，并查封了《苏报》。帝国主义还通知各地领事：禁止中国人在租界内办报纸宣传革命和出版革命书籍。