后人亦对研究系的命运有精辟之论谓：“民国以来，书生集团之依附实力派者，往往徒供利用，卒受排挤，或诱之分化，务使一无存在之价值，固不独研究一系为然也。”
由于安福系的运作，在国会选举中获得压倒性胜利，在国会参议院147席（总额168席，南方粤、桂、川、黔、滇省及川边地区21席未选），众议院325席（总额406席，南方81席未选），共计472席中，安福系获330余席，交通系获120余席，研究系获20余席，安福系完全控制了国会。1918年8月12日，中华民国第二届国会即“新”国会（因其为安福系包办，故又称“安福国会”）在北京开幕，临时参议院从此解散。20日，安福系首领王揖唐当选众议院议长（其后刘恩格当选副议长）；22日，交通系首领梁士诒当选参议院议长，朱启钤当选副议长。
国会选举告成，安福系在国会独大，意味着皖系可以国会作为政治运用的工具，其下一步举动就是改选总统，以达完全控制北京政治的目的。
冯国璋在袁世凯败亡后出任副总统，又继黎元洪担任代理大总统，实际上是北洋派系妥协的产物。就政治实力、个人资历、人脉关系、社会影响等方面而言，后袁时代可以出任大总统的人物，无非袁时代的副总统黎元洪，北洋派军人首领段祺瑞、冯国璋，北洋资深政客徐世昌，革命党领袖孙中山等数人而已。孙中山既以革命、护法为己任，自然不会加入北京政府的总统竞争；黎元洪因缘际会，由袁世凯时期的副总统而登上后袁时期的大总统之位，但却在张勋的压力下解散国会、致清室复辟，使其主观上无颜再复任总统，何况他已请冯国璋“代行”大总统职权，权柄既已交出，客观上亦无法再复任。因此，清室复辟失败后北京政府大总统的竞争者实际只有段祺瑞、冯国璋和徐世昌。段祺瑞虽有较强实力、较深资历、较广人脉和较大影响，但考虑到北洋派系间的平衡以及责任内阁制体制，似更愿居于享有实权的总理位置，因此顺水推舟，在黎元洪下台后，将大总统职位让与副总统冯国璋，自居国务总理之位，也算是名正言顺之举。当时“在一般人心里，以为冯、段本是同学，如尔汝昆弟之交，必可朝夕会面，脱略形迹，时局结症所在，无不可以推诚披臆，互相谅解，不但以前府院之争不致重演，而大局之解决，亦颇有希望，而不知有大谬不然者。”冯国璋亦自称：“余与芝泉为数十年心腹之交，彼此都互相信任，此后对一切政务决定，听候内阁完全负责，毫不干预。”唯冯到北京就任后，以其依托的直系军事实力仍对段祺瑞完全控制北京政府构成了一定的阻力，加以总统府和国务院之间在责、权、利方面固有的矛盾关系，使冯、段的个人关系并不十分融洽，明争暗斗之举不断发生，再度上演了府院之争的一幕。南方打出“护法”旗号之后，北洋派对南方用兵，依靠的主力是直系军队，而冯国璋的地盘主要在长江流域，对于向南方用兵动武并不积极，甚而与南方护法阵营还有一定的联系（冯之出任副总统即曾得到部分前国民党议员的支持），因此而对段祺瑞的“武力统一”政策有所牵制。1917年11月，在湖南前线的直军主动后撤（南北战争详见下述），直系各督要求停战议和，使直皖矛盾趋于表面化。在此打击之下，段祺瑞被迫于11月20日提出辞职，22日被冯国璋明令免职。冯国璋看似在府院之争中占据了上风，但段的实力仍在，冯的日子并不好过，甚而一度找不到人接任段的总理职（在段之后代总理的汪大燮只同意代理一周），幸好北洋元老王士珍在其恳求下答应出山帮忙，才使冯免了去段后无人接任之尴尬。其后，段祺瑞一方面策划进行国会选举，图谋在控制国会后，以总统任期届满须改选的名义赶走冯国璋；一方面引奉军入关（1918年2月，徐树铮赴奉天请张作霖派奉军入关声援本派），对冯施以军事压力。冯国璋无奈，只能亲访段祺瑞，谓“时事多纷，非老弟再出不可。闻外间意思托东海来说。其实我辈几十年老弟兄，若待东海来说岂不生分，故特自己跑来。”冯给了段莫大的面子，段也颇为自得，“闻我辈兵事进行，辄欣然喜，闻左右劝其避嫌，辄露不悦之色。"1918年3月23日，冯国璋任命段祺瑞为国务总理，这是段在后袁时期第三度担任此职。